YKさん、こんにちは(^_^)。
質問ありがとうございます。
「パーミッション最適化」などセットアップアシスタントの機能の一部は最上位階層の管理者にのみ利用可能です。
全体が HTTP 公開ディレクトリより下層にインストールされたため、最上位階層ではないと判定され、いくつかの機能が制限されているようです。cgi-data ディレクトリを HTTP 公開ディレクトリより上に設置すれば、全ての機能が利用できると思います。
また、この配置では cgi-data ディレクトリの中身にブラウザでアクセスできてしまいますので、たいへん危険です。cgi-data ディレクトリにはパスワード情報を含めた各種設定ファイルが入っています。
cgi-data ディレクトリは、下記のように HTTP 公開ディレクトリ(public_html)より上に設置してください。
├cgi-data…
└public_html
├cgi…
├lib…
ちなみに、public_html 内に設置するフォルダは名前を変更することができます。フォルダ名の変更についての解説をマニュアルに追加しましたのでぜひご覧ください。
フォルダ名を変更すれば既存サイトにも導入しやすくなるかも知れません。
CMONOS.JP は必要な CGI から個別に利用することができます。すべてを CMONOS.JP で管理する必要がない場合は、カレンダーやBBS、ニュースの更新などから少しずつ試してみると便利だと思います(^_^)。