cgi-dataフォルダはpublic_htmlフォルダより上でなければだめですか？

ご質問ありがとうございます。タイトルを内容にあったものに変更させていただきました。ご了承願います。

書籍は出ておりません。（出せればいいなあとは思っているのですが、、、現状では難しいです。。。）

cgi-data フォルダについては、HTTP公開フォルダより上に置くことを推奨しておりますが、下に置いても cgi-data フォルダの中にあります「_htaccess」ファイルを「.htaccess」にリネームすれば、ブラウザからは cgi-data フォルダにアクセスできなくなりますので、安全上問題ありません。

こちらも参考になるかもしれません。
CMONOS.JP マニュアル:セットアップアシスタント:下層ディレクトリへのインストール

それとも、htdocsフォルダの中身をアップした一つ上の階層でも大丈夫なのでしょうか？

はい、.htaccess ファイルでアクセスを制限すれば問題ありません。

CMONOS.JP は、用途に応じてツール(CGI)をインストールするところから始めます。ひとつのツールで何でもできるわけではないので、ご注意ください。

まずはセットアップアシスタントの CGI インストーラーで、必要なツールをインストールしてください。必要ないツールは、CGI アンインストーラーで取り除きます。

必要なツールをインストールしたら、ナビメーカーでナビゲーションに表示したいツールを選択して「ナビゲーション書き出し」を実行します。

ツールにコメント欄などを加えたい場合は、環境設定の左上メインメニューから入力フィールド設定を開いてください。

（環境設定にアクセスするには、メンテナンスステーションの上フレーム左端にあるスパナアイコンをクリックし、環境設定を開きたいツールのアイコンをクリックします。）

CMONOS.JP のカスタムフィールドはプラグインのような働きをします。コメント欄や投票などの機能は、フィールドタイプを組み合わせることで追加できます。

（ホームページメーカーシリーズでは、「ページレイアウト設定」でページテンプレートにフィールドタグを追加しない限り表示できませんからご注意ください。）

まとめると、、、

1. セットアップアシスタントのCGIインストーラーで使いたいツールをインストール
2. ナビメーカーでツールを登録
3. ツールの環境設定「入力フィールド設定」でフィールドタイプ(各種機能)を組み合わせる
4. ページレイアウトでテンプレートなどを設定する

というかんじです。ページレイアウト設定にはメインメニューの右隣にサブメニューがありますので、こちらもチェックしてください。

主に「入力フィールド設定」と「ページレイアウト設定」を行ったり来たりして設定を調整することになると思います。

アイコン類は画像ライブラリ編集やアイコンライブラリ編集で変更できます。

以上参考になりましたら幸いです。また何かわかりにくい点がありましたらぜひご指摘ください。お待ちしております。