ご質問ありがとうございます。
おそらくフォルダの位置関係がずれているものと思われます。
ironmanさんは次のように設置されているのではないでしょうか。
─home
└ドメイン名
└public_html
└サブドメインフォルダ(search?)
├cgi-data
│ └cgi-dataフォルダの中身
└htdocsフォルダの中身
メインドメインに設置する場合、CMONOS.JP の初期状態では次のように設置することが前提されています。
─home
└ドメイン名
├cgi-data
│ └cgi-dataフォルダの中身
└public_html
└htdocsフォルダの中身
cgi-data フォルダが公開フォルダより一つ上にあることにご注意下さい。したがいまして、ironmanさんの環境で、特定のサブドメインのみに設置するには次のような位置関係にします。
─home
└ドメイン名
└public_html
├cgi-data
│ └cgi-dataフォルダの中身
│(_htaccessを.htaccessに要変更)
└サブドメインフォルダ(search?)
└htdocsフォルダの中身
cgi-data フォルダを上記と異なる位置に置きたい場合は、こちらのマニュアルにしたがっていくつかの設定ファイルを書き換える必要があります。
servercheck.cgi が動かないのはパーミッションの設定に問題がありそうです。
SIX CORE さんのマニュアルによると、CGIファイルのパーミッションは700でなければならないようです。
servercheck.cgi のパーミッションを700にしてみてください。
また、env.pl の70行目から72行目を SIX CORE サーバの仕様にあわせて書き換えた方がよいかも知れません(書き換えなくても動くと思います)。
# パーミッション
$file_mode = 0604; # ファイルのパーミッション
$dir_mode = 0701; # ディレクトリのパーミッション
$cgi_file_mode = 0700; # CGI ファイルのパーミッション
以上お試しくださいm(_ _)m。