ご質問ありがとうございます。
ご提供いただいたデバッグ情報ですが、これは、CMONOS.JP のモジュール群がみつからないことを示しています。
CMONOS.JP は htdocs フォルダと同じ階層に cgi-data フォルダがあることを前提に各種パスが設定されています。
なお、「cgi-data/lib」フォルダに CMONOS.JP の本体とも言えるモジュール群があり、各 CGI はこのモジュールを読み込むことで動作します。
matsu様の配置では、各 CGI のモジュール呼び出しパスが一階層分ずれてしまうため、エラーとなってしまうようです。
├cgi-data
└public_html
→└cmns(=htdocs) このフォルダ分ずれる
├cgi
├...
既存サイトにインストールするため、CMONOS.JP を専用のフォルダに隔離したい場合、今のところ、次の方法をおすすめしております。
（全 CGI のモジュール呼び出しパス等を変更すれば上記構成でも動かすことはおそらくできますが、実績がありません...。）
【最小構成で設置する方法】
最上位階層を最小構成で設置し、サブディレクトリの増設という形で、専用のフォルダを作成する方法です。
まず、ダウンロードページから最小構成サンプルをダウンロードします。
最小構成サンプルの ReadMe.html にしたがって、標準構成の cgi-data と htdocs をカスタマイズします。
最小構成サンプルでは、public_html 直下に次のフォルダのみをアップロードします。
error フォルダは削除してかまいません。その他のフォルダは名前を変更することができます（→関連マニュアル）。
最小構成で設置後、セットアップアシスタントにアクセスし、「サブディレクトリ増設」で「cmns」という名前のサブディレクトリを増設します。
これなら、既存サイトに影響を与えることなく設置できるのではないでしょうか。
【HTTP公開ディレクトリ以下に設置する方法】
もうひとつの方法は、HTTP公開ディレクトリより下に設置する方法です。matsu様の場合ですと次のような構成になります。
└public_html
├cgi-data
└cmns(=htdocs)
├cgi
├...
この場合の設置方法についてはマニュアルをご覧ください。
env.pl の 251行目 最上層ディレクトリ設定は、次のようになります。
$top_dir = '/cmns';
HTTP公開ディレクトリより下に設置することは念のため非推奨とさせていただいておりますが、cgi-data へのアクセスを禁止する .htaccess の設定が正常に機能している限り、それほど危険はありません。
CMONOS.JP を特定フォルダに隔離したい場合はこちらの方法の方が手軽だと思います。
Re[3]:セットアップアシスタントがうまく動かないようです