ご質問ありがとうございます。
その後、ロリポップ様に問い合わせたところ、ロリポップ新サーバのPerlにバグがあり、その影響で不具合が発生していることが判明しました。
現在ロリポップ様が、不具合の発生しないPerlへ、各サーバを順次アップデートしているところです。作業完了後弊社にも連絡があると思いますので、連絡がありましたらこちらにもご報告いたします。
そのアップデートでこれまで発生していた不具合がすべて解消する可能性があります。
もし不具合発生前のデータをお持ちでしたら、サーバアップデート後そのデータに差し換えますと、不具合発生前の状態に復旧させることができると思います。
長期にわたりご不便をおかけし申し訳ありませんが、上記参考になりましたら幸いです。