おつかれさまです。いろいろと試行錯誤していただきありがとうございます。
CMONOS.JP のパーミッション最適化機能は、CMONOS.JP 関連フォルダおよび関連ファイルのみを最適化対象とします。弊社テスト環境でテストしてみましたが、関連フォルダ・ファイル以外の既存フォルダ・ファイルへの影響は確認できませんでした。
設置フォルダについてはパーミッションを「ディレクトリのパーミッション」に変更します。ただ、設置フォルダより上位の階層については変更しません。
なんらかの不具合で上位階層を最適化対象としてしまっている可能性はありますが、万が一そうだとしても現在のところ原因がわかりません。
「cgi-data」が見えない
CMONOS.JP の動作には「cgi-data」に含まれるモジュールや設定ファイルが必要となりますので、CMONOS.JP のインストーラが動作したということは、「cgi-data」フォルダそのものは存在しているものと思います。
「ディレクトリのパーミッション」を 0700 としてインストールした場合、CGI 以外からディレクトリが見えなくなってしまうということがあり得ます。この問題を解決するには、CGI からパーミッションを設定しなおす他ありません。。。
そこで、システムアンインストール時に「cgi-data」のパーミッションを 0777 に変更するようにしました。(アンインストール時にしか影響しませんのでバージョンは同じとさせてください。)
お手数ですが、CMONOS.JP のフルセット版を再度ダウンロードし、「~/cgi-data/lib/CMONOS/SetUpAssistant/Tools/SystemUninstaller.pm」をサーバ上の「~/cgi-data/lib/CMONOS/SetUpAssistant/Tools/SystemUninstaller.pm」と差し替えてください。
その後、セットアップアシスタントの「システム・アンインストール」で、「すべての関連ファイルのパーミッションを FTP 等で削除しやすいものに変更する」をチェックし CMONOS.JP をアンインストールします。
すると、FTP から「cgi-data」が見えるようになるかと思います。
ここから設定ファイルを手動で書き換えて復旧する方法もありますが、いったん「cmonos」フォルダごと削除しはじめからやりなおされた方がわかりやすいです。
一度、ディレクトリ、ファイル、CGI のパーミッションをデフォルトの設定のままにしてインストールしてみてください。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。