たいへん残念ですが、これまでのところ、CGI の動作が cgi-bin 配下に限定された環境での、CMONOS.JP の動作は確認されておりません。
サーバの設定にもよりますが、cgi-bin 配下のファイルは、すべて CGI として実行されてしまいます。つまり、画像や HTML ファイルでも CGI として実行しようとするため、必ずエラーとなります。
これを回避するためには、いくつか方法があります。
ひとつはサーバの設定を変えて、cgi-bin 以下の画像や HTML ファイルを画像や HTML ファイルとして処理するよう指定する方法です。
cgi-bin 配下でも .htaccess ファイルが完全に有効な場合は、.htaccess ファイルに適切な設定を記述することで問題を回避できるかもしれません(niftyやwakwakではおそらくできません)。
他には、画像や HTML を cgi-bin の外へ出してやる方法があります。ただ CMONOS.JP はそうしたフォルダ構成を想定しておりませんので、全ての機能を動作させることはできません。
もし、CMONOS.JP の個別の CGI を利用したいと言うことでしたら、env.pl と個別 CGI の default.pl の設定を変更して、cgi-bin 配下に画像や HTML を置かないよう設定することもできる...、と思います。とは言え、ちょっとたいへんですし、最近はそうした設置実績はありません。(公開前にはそういうこともしていましたが...)
「ナビゲーション書き出し」が動作しない問題についても、サーバに施されたなんらかの制限が、CGI からの HTML ファイル書き換えに影響しているのかもしれません。
弊社に ET 様と同様のサーバ環境がなく症状を再現することができないため、完全な解決をご呈示することができないことをご理解くださいm(_ _)m。
正直なところ、お使いのサーバでは解決が難しい気がいたします...。