Sasagawa さん、参考になる情報ありがとうございます。
全ページに viewport を設定するには、セットアップアシスタントの「管理情報変更」にある「共通 HTML ヘッダ」を設定するのがよいと思います。ぜひチャレンジしてください!
CSS については、CMONOS.JP の全ツールに対応するためには、多岐にわたる調整が必要になってきます。基本的には、メディアクエリを利用してスマホ用CSSをPC用CSSに統合する形で対応することになりそうです。
個別案件でははじめからモバイルフレンドリーとなるようサイトを構築しておりますので、お気軽にご相談ください。