他のCMSへの影響

当プログラムがやりたいことにマッチしており、お試しで試行させていただいております。

同サーバーに別なCMSがあるのですが、当プログラムをインストールした後に、他サイトアクセスでページ表示されずに急にディレクトリ表示になったり特定のＰＣからだけカレンダー内のリンクアクセスでエラーが出たりと不具合が発生するようになりました。
これらの件で何か考えられることはありますでしょうか？
できましたらアドバイス願いたいのですが。
よろしくお願い致します。