サイトテンプレートの変更について

全文検索サーバーFESSの記事を参考にさせて頂き(非常に役に立ちました)、設定を完了しました。
FESSの検索窓をタイトルの右横に表示させようと以下の手順を実施したのですが、問題が発生します。
手順に問題があるのでしょうか？

■実施した手順
① 以下のcss,ssiファイルを編集し、FESSの検索窓を配置する設定に変更
cgi-data/template/site/default/htdocs/lib/css/site-navi.css
cgi-data/template/site/default/htdocs/lib/xfiles/site-navi.ssi

② セットアップアシスタント〉サイトテンプレート適用
”デフォルトのサイトテンプレート”を適用

③ タイトルの横に検索窓が表示されることを確認

④ ナビゲーションがデフォルトに戻ってしまうため、ナビゲーションの 設定を再度行い、"ナビゲーション書き出し"を実行
→ 3で正常に表示されていた検索窓等が消えて、デフォルト設定に戻ってしまう・・