ご質問ありがとうございます。
ナビゲーション部分が表示されない原因としては次の二つが考えられます。
○お使いのサーバで SSI (Server Side Include) が使えない場合。
→サーバ管理者に SSI に対応しているかどうか、SSI を利用するために追加の設定が必要かどうか、お問い合わせください。
SSI が利用できない場合は、JavaScript でナビゲーションをページに埋め込むこともできます。
("cgi-data/lib/env.pl" 106行目を $ssi = 0 とすることで、JavaScript による埋め込みに変更します。)
○ナビゲーションが書き出されていない場合。
→ナビメーカーの「ナビゲーション作成」で「ナビゲーション書き出し」を実行します。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。