エラー情報のご提供ありがとうございました。たいへん参考になりました。他のサーバでは無視されるエラーが影響しているようです。
弊社の方でも XREA.COM の無料サーバを確保できましたので、そちらを利用してテストしてみました。
その結果、CGI インストール時に作成されるダウンロードページ初期設定に誤りがあり(この誤りは環境設定からは修正できません)、それが悪影響していることが判明しました。そこで設定読み込み処理を見直し、エラーを回避するように改善しました。
XREA.COM では通常は無視されるエラーが捕捉されるようです。そのため他にも不具合が隠れている可能性があります。また何かおかしな挙動がありましたらぜひご教示ください。
セットアップアシスタントの「システム・アップデート」がもし動くようでしたら、「システム・アップデート」からアップデートしていただけます。作業の途中で「Script Error」となった場合も、ブラウザの「戻る」ボタンで戻ってもう一度やり直すと、続きから正常に動作するかもしれません。
(XREA の無料サーバでは一部ファイルの解凍に失敗してうまくいきませんでした。うまくいくときもありましたので、負荷制限にひっかかった可能性もあります。)
「システム・アップデート」が動作しない場合は、フルセット版をダウンロードし、同梱の「HowToUpdate.html」の説明にしたがって、最新版にアップデートしてください。
この度は重要なご指摘ありがとうございました。
今後ともどうぞよろしくお願い申し上げますm(_ _)m。