ご質問ありがとうございます。
まずは二点ご確認ください。
○「cgi-data」フォルダの位置
FTP でロリポップサーバにアクセスしたとき、「cgi-data」フォルダは見えているでしょうか。見えない上層へインストールされていないかご確認ください。
○env.pl のパーミッションの設定
FTPで「~/cgi-data/lib/env.pl」をダウンロードして80行目あたりのパーミッションの設定をご確認ください。
# パーミッション
$file_mode = 0604; # ファイルのパーミッション
$dir_mode = 0705; # ディレクトリのパーミッション
$cgi_file_mode = 0705; # CGI ファイルのパーミッション
ロリポップの場合、0604/0705/0705 がおすすめです。
このうちディレクトリのパーミッションが0700などになっていると、アクセスが認められなくなる可能性があります。
パーミッションの設定が、上記と異なる場合は、上記の通り修正してください。
次に「セットアップアシスタント」で「パーミッション最適化」を実行します。もしパーミッションに問題がある場合は、この作業でパーミッションが修正されます。
以上お役に立てましたら幸いですm(_ _)m。