ご返信ありがとうございます。
ひとつひとつお答えいたします。
①subindexにオプションでIDを指定して、指定のカテゴリだけのsubindexを表示させることは出来ますでしょうか。 これが出来るなら、divでくくって横に並べられるのではと期待しています。
どのような状態をお考えなのか、いまひとつイメージがつかめ切れていないのですが、いずれにしましても、総合インデックスで特定カテゴリーのインデックスのみを表示することはできません。
デフォルトの状態で、既にカテゴリーごとに div で区切られてはいますから、この div に独自の class 名を設定した上で、その class 名についてカテゴリーがカラム状に横に並ぶようスタイルを指定すれば、イメージしてらっしゃるかんじになる、かもしれません。
②有る程度欲しい材料がそろっている状態で一度総合インデックスを作り、そのhtmlファイルを直接改造してftpでアップするという方法で、望みのレイアウトで横に並べた物を作ると言うことは出来ますでしょうか。
アップロードして状態を確認するためには有効かもしれませんが、あとで改造した html にあわせてページテンプレートも改造する方が望ましいです。
カテゴリーをひとつのカラムとして横に並べたいということでしたら、上記にも書きました通り、CSS ファイルを編集することでコントロール可能です。
また、この方法が使えた場合、カテゴリ内記事を追加した際に総合インデックスのレイアウトが崩れるのを防ぐには、どうすればよいでしょうか。
インデックス用の独自タグを正しく設定してください。
何かいい方法がありましたら、教えて下さい。（出来るだけインデックスは一目でわかる様にしたいので、スクロールさせないと項目が出てこないような状態は避けたく、横に並べたいのです。）
カテゴリーごとに縦長のインデックスを生成し、横に並べたいということでしょうか。
CSS を改造することで可能だと思います。
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以上参考になりましたら幸いです。
Re[2]:ページレイアウトとCSSの編集について