お世話になっております。
ご質問の件ですが、ご指摘の通り、「サイトテンプレート作成」では同じ階層にあるファイルをすべてバックアップします。
これは、テンプレートから CMONOS.JP で直接管理していない画像などを呼び出しているケースなど、丸ごとバックアップしなければバックアップの意味がないケースが考えられるためです。
「サイトテンプレート作成」の「無視するフォルダのリスト」でバックアップする必要のないフォルダを指定すると、それらのフォルダはバックアップされません。
こちらに Wordpress 関連フォルダを指定して「サイトテンプレート作成」を実行してみてください。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。