ご報告ありがとうございます。
Updater20101125_Combo.pm を ~/cgi-data/lib/CMONOS/SetupAssistant/Tools にアップロードして、セットアップアシスタントにアクセスし、アップグレード処理を実行していただきましたでしょうか?
その際、あらかじめデフォルトのサイトテンプレートにある JavaScript フォルダ("~/cgi-data/template/site/default/htdocs/lib/javascript")が新しいものに差し替えられている必要があります。
最新版では JavaScript が一新されているため、旧版の JavaScript ファイルでは、すべての JavaScript が動きません。
上記作業が完了している場合は、ブラウザのキャッシュを一度消去し、ブラウザを再起動してからお試しください。