申込み画面から登録をしたアカウントとパスワードで、2つのフォルダにアクセス制限をかけることは難しいでしょうか?
やはりそれぞれのフォルダごとに登録をしないといけないでしょうか?
はい。それぞれのフォルダごとに登録する必要があります。
ただ、ひとつのフォルダに複数フォルダを入れておけば、上位フォルダのアクセス制限が下位フォルダにもおよびますので、制限対象フォルダをひとつのフォルダ配下にまとめると対応できるのではないでしょうか。
(CMONOS.JP でサイトを構築されている場合は制限コンテンツを「サブディレクトリ」にまとめるとよいのではないかと思います。)