─public_html=主ドメイン
├cgi/setup/start.cgi=セットアップアシスタント
├sub.domain.jp=別ドメイン
└その他のファイル・フォルダ
CORESERVER では、別ドメインのドキュメントルートが上記のような位置関係になりますでしょうか。
別ドメインとしてサブディレクトリを増設する場合は、「フォルダ名」で指定されたフォルダがあらかじめ存在している必要があります。
また、フォルダ名には 半角英数字・"_"・"-"・"." 以外の文字列を使うことが出来ません。現状では、日本語ドメインなど2バイト文字列ドメインで運用する場合、この制限にひっかかってしまいます。
制限を外しても問題ないかも知れないのですが、念のためチェックしています。