お世話になります。
さて、ご質問の件ですが、CMONOS.JP 自体にご希望の機能はありません。
環境設定にあるアクセス権設定は、CGI が表示する動的コンテンツには有効ですが、CGI が書き出した HTML ファイルなど静的コンテンツには効力が及ばないからです。
《制限を掛けたい項目》についてチェックを入れ、さらに下の《接続拒絶IP》に相手方のIPを書き込むことで初めて制限が掛けられるということでしょうか??
この点についてはおっしゃる通りです。接続拒絶IP設定を反映させたい項目にチェックを入れる必要があります。
しかし、サイト全体に制限をかける機能はありません。
pinky1975さんの抱えておられる問題には、サーバの機能で対応できそうです。
.htaccess ファイルによって、特定 IP からのアクセスを拒絶するよう設定するのはどうでしょうか。
.htaccess によるアクセス制限についてはこのあたりが参考になります。
http://turi2.net/cont/web/htac002.html
http://mikeneko.creator.club.ne.jp/~lab/web/htaccess/access.html
具体的には、CMONOS.JP 同梱の "htdocs/.htaccess" ファイルに、IPを拒否するための設定を追記し、保存するとよいでしょう。
.htaccess によるアクセス制限は、サイト全体におよびますので、設定が期待通りに働いているかどうか十分にご確認ください。
以上参考になれば幸いです。