pinky1975 さん、おひさしぶりです。その後も、いろいろと工夫していただき、ありがとうございます。
ソースがそのまま表示されてしまう件は、こうした目的の掲示板では不便ですね(＾＾；。
そこで、次回配布バージョンから、書き込み中の CMONOS.JP 独自タグを削除するのではなくエスケープするよう仕様を変更しました。
【トップページのデフォルトのテンプレート】
<div id="main">
<!--chapter-->
<!--section--><!--head-->
<div class="section">
<!--/head-->
<!--field id="1"--><!--head-->
<h1>
<!--/head--><!--foot-->
</h1>
<!--/foot--><!--/field-->
<!--field id="2"--><!--/field-->
<!--field id="3"--><!--/field-->
<!--foot-->
</div>
<!--/foot--><!--/section-->
<!--/chapter-->
</div>
<div id="side">
<h1 id="side-header">サイドメニュー</h1>
<div class="side-section">
<h2>最近の記事</h2>
<!--masternavi--><!--/masternavi-->
</div>
</div>
<a href="#" class="end" id="container-end">このページのトップへ</a>
こんなふうに↑
ちなみに、HTML タグについては、「▼挿入する」メニューの「<code>[HTMLソース]」を使うと簡単にエスケープできます。
エスケープしたい範囲を選択した状態で、メニューから「<code>[HTMLソース]」を選んでください。するとエスケープしたい部分が「<code class="html-source-code"></code>」で囲まれます。
表示時にはこの部分がエスケープされます。
さて、ご質問の件ですが、デフォルトでは side 部分が後に記述されています。main と side の順番を入れ替えてみてください。
なお、デフォルトの状態に戻すには、「設定の復元」を利用すると簡単です。
トップページの「環境設定」の「設定の復元」で、「初期設定」について「トップページ用ページレイアウト設定 を復元する」を選択し「復元」します。
以上、参考になりましたら幸いです。
Re[3]:Topページのレイアウトがズレてしまった