ご質問ありがとうございます。また、CMONOS.JP の導入をご検討いただきありがとうございます。
「ナビゲーション書き出し」ボタンが表示される画面は、問題なく表示されましたでしょうか?
もし、この画面自体がエラーになっているのでしたら、パーミッションの設定がうまくいかなかった可能性があります。
「セットアップアシスタント」自体については ET 様が手動でパーミッションを設定されたことと思います(/cgi/setup/start.cgi)。
「ナビメーカー」や「メンテナンスステーション」など他のツールについては、別途「セットアップアシスタント」の「パーミッション最適化」で、パーミッションを設定します。
ただ、環境設定ファイル「env.pl」のパーミッション設定が、お使いのサーバにあわないものとなっている場合、誤ったパーミッションが設定され、CGI がエラーを返します。
もし、パーミッションの設定に問題がありそうでしたら、env.pl のパーミッション設定をご確認の上、もう一度「パーミッション最適化」をお試しください。
「セットアップアシスタント」が動いているようですので、とりあえず上記原因しか思い浮かびませんでした。問題解決の参考になれば幸いです。
他にも何かお気づきの点がありましたら、ぜひご相談ください。お待ちしております。