ご質問ありがとうございます。
引用していただいたエラーメッセージは、エラーが発生したことのみを伝えるものですので、たいへん残念ですが原因がわかりませんでした。
このエラーメッセージによると、より詳しいメッセージを得るには次のようにするようです。
「.htaccess」という名前のファイルを作成し、以下の設定を記述します。
（MacOS X の場合不可視ファイルとなってしまいますので、「_htaccess」などの名前で作成しサーバにアップロード後、FTPソフトで名前を「.htaccess」に変更します。）
AddHandler cgi-script-debug .cgi
「.htaccess」を CGI より上の階層にアップロードします。
CGI を実行します。
すると、通常の画面ではなくデバッグ情報が表示されます。この中に詳細なエラー情報が記述されています。
エラー情報を手に入れたら、「.htaccess」ファイルを削除します。
ところで、今朝新バージョンをリリースいたしました。choki 様の御手元にあるバージョンは最新版でしょうか。もし CMONOS.JP 同梱の history.html に ver1.2.20081216 に関する記述がないようでしたら、一つ前のバージョンとなります。
最新版でない場合はお手数をおかけいたしますが、ぜひ最新版をダウンロードしてください。
また、アップロードでバイナリモードお試しください。アスキーモードによるコード変換が不具合を引き起こしている場合があります。
env.pl の設定変更が必要な場合でも、EUC/LF 対応のテキストエディタを使用すれば、コード変換が必要ないため、バイナリモードでアップロードして問題ありません。
CORESERVER の場合は、デフォルトの設定のままで動くのではないかと思います。
Re:セットアップアシスタントがうまく動かないようです