ご質問ありがとうございます。
/cgi/setup/start.cgi?m=Tools&k=s300 にアクセスしようとすると、「404 The requested object was not found on this server.」のエラーとなります。
これは存在しないモジュールへアクセスしたときに表示される"CGI"のメッセージです。なんらかの理由で、「パーミッション最適化」モジュールが読み込まれなかったため表示されているものと思われます。
また、「消費税・カート情報変更」には、ショッピングカート決済CGI「チェックアウト」をインストールするまでアクセスできません。
「パーミッション調整」については、CMONOS.JP をオーナー権限でCGIが動作しない環境で限定的に動作させているとき使用する FTP でパーミッションを調整するツールです。xrea.com など、CMONOS.JP の推奨環境では必要ありませんので、表示されません。
「設定終了」はマニュアルの記載ミスでした。セットアップアシスタントには環境設定以外のモードがないため、「設定終了」は表示されません。ご心配をおかけし申し訳ありませんでした。
「サイト情報一覧」と「パーミッション最適化」は、env.pl の「ホームディレクトリ識別ID」が空の時（$home_dir_id = '';）表示されます。env.pl の 22行目「ホームディレクトリ識別ID」が空欄になっていることをご確認ください。
この位置にこの設定があるのは、サブディレクトリを手動で増設していた時代のなごりなのですが、このままでは何か設定しなければならない印象があるので、次回配布時に注意書きを付記することにしました。
とりあえず、ホームディレクトリ識別ID が空欄であるかどうか確認していただければと思います。
Re:XREA.COMへのインストール