ご質問ありがとうございます。
CGIがエラーを返すと言うことで、お困りのことと思います。
env.pl の文字化けは文字コードの違いに由来するものです。
Windows や Mac では Shift JIS が標準の文字コードとなっていますが、CMONOS.JP の文字コードは EUC-JP となっています。
Shift JIS にはアルファベットや制御文字などに割り振られている文字コードが混じっているため、古い Perl で問題を起こすからです。
文字化け状態の env.pl をご覧になったということは、 env.pl を書き換えて、文字化け状態のまま保存されたのでしょうか? 仮にそうだとすると、その際テキストエディタによって文字コードまたは改行コードが変換されてしまったかもしれません。
EUC-JP および 改行コード LF に対応したテキストエディタで編集した場合は、文字化けは起こりませんので、一度別のテキストエディタをお試し下さい。
参考)EUC対応のテキストエディタ Notepad++ EUC-JP 対応版
http://notepad-plusplus-euc-jp.hp.infoseek.co.jp/
ほかにもいろいろあるようです。
http://cooltool.jp/free-editor.html
ただ、たきさんが利用されている さくらのレンタルサーバ では、特に env.pl を変更しなくても、そのままアップロードするだけで動作します。
各種パス以外の env.pl の設定はインストーラーで設定できますので、もし env.pl を書き換えてご使用の場合は、とりあえず解凍直後のデフォルトの状態でお試しいただければと思います。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。