こんばんは。
ご質問ありがとうございます。
env.pl 中の "CGIから見た相対パス" でいう CGI とは、/cgi/***/start.cgi のことを指しています。*** は、setup など各種 CGI のフォルダ名です。
CMONOS.JP では SSI でファイルを埋め込む際、<!--#include virtual="***"--> で指定します。(SSI呼びだし元ファイルはすべて HTTP 公開ディレクトリより下の階層に作成されます。)
<!--#include file="***"--> で指定する場合、指定先パスに制限があるレンタルサーバはよくありますが、virtual での指定に制限があるレンタルサーバはあまりないのではないかと思います。
もしデフォルトの env.pl の設定で設置をお試しでない場合は、一度デフォルトの状態でお試しいただければ幸いです。
下位ディレクトリにインストールする場合でも、「cgi-data」と「htdocs」の相対的な位置関係が変わらない限り、各種パス情報を変更する必要はありません。
SSI に制限があり virtual での指定ができない場合は、env.pl の 86行目を $ssi = 0 とすることで、JavaScript による埋め込みに変更することもできます(非推奨)。
ご質問内容から、かなり細かい情報にまで目を通していただたものと拝察いたします。また、SSI についても過去に苦労されたご経験があるのではないでしょうか。
もし、既にデフォルトの設定でお試しになられたのでしたら、失礼をおわびいたします。
その場合は、どの設定をどう変えられたのか具体的に書いていただきますと、解決のヒントとなります。
以上よろしくお願いいたします。