ご質問ありがとうございます。
おっしゃる通り、「サイトスキャン」は CMONOS.JP の CGI 一覧を更新するための機能です。
サイトテンプレート適用時や、なんらかの理由で CGI 一覧が壊れてしまったとき、あるいは、CGI の名前を変更したのに、一覧に反映されないときなどに使用します。
ただ、「サイトスキャン」に使用・不使用を変更したり、タブ色を変更する処理は含まれていません。弊社環境ではご指摘のような現象を再現できませんでした。
原因を特定できずたいへん申し訳ありませんが、「サイトスキャン」が必要な場面はそれほどありませんので、とりあえずそのままお使いいただければと思います。
またなにか原因特定のヒントとなるような情報や、お気づきの点がありましたら、ご指摘いただけると幸いですm(_ _)m。