ご返信ありがとうございます。
申し訳ございませんが、エラーの原因は弊社ではわかりかねます。。。heteml 様にお問い合わせいただけましたらと思います。
過剰に重い処理をしたときに、サーバの側で一定期間 CGI の動作を禁止する場合があります。heteml さんのサーバではアンインストール程度の処理でそうしたペナルティをくらうことはまずあり得ないと思いますが。。。そうしたペナルティが原因の場合一定時間後に解除されますので、たまたまFTPアカウントを増やしたタイミングで解除されたということは十分あり得ます。
アンインストールは大量のファイルを削除しますから、なんらかの仕組みでその動作が危険な動作と判定され安全のためペナルティを受けた、ということはあるかもしれません。ただ弊社では heteml サーバの詳細がわかりませんので、何とも言えません。
いずれにしましてもそのままインストールして問題ないのではないかと思います。同じサーバで既にサイトを運用中でしたら慎重になられた方がよいかもしれませんが、そうでなければ心配する必要が思い当たらないですし。。。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。