Re:他のCMSへの影響

お返事が遅くなり申し訳ありません。書き込みを見逃しておりました。

考えられる原因としては、併用されているCMSが mod_rewrite を使って、URL を変換していることが影響している可能性があります。

CMONOS.JP の CGI に送信する特定のクエリ（?parameter=value）が、ディレクトリなどに変換されてしまい、おかしな挙動となっているのではないでしょうか。.htaccess の設定で、CMONOS.JP を設置したディレクトリについて、mod_rewrite を無効化すると改善するかもしれません。

＊.htaccess への追記例

<IfModule mod_rewrite.c>
 RewriteEngine Off
</IfModule>