デジタルコンテンツをFTPで指定ディレクトリにアップロードする方式と、レコード/記事ごとにファイルアップロードフォームからファイルをアップロードする方式とでは、ファイル管理の方法が違いますので、ご指摘の状態で正常です。
アップロードされたファイルは、レコード/記事ごとに作られたフォルダに保存されています。保存先は、FTPアップロード用のディレクトリではないので、ご注意ください。
以上参考になりましたら幸いです。
〈追記〉
FTPアドレスの補正は、入力欄に表示される FTP リンクを修正する以上の意味はありません。