ご質問ありがとうございます。インストール時に意図しない挙動が見られるとのことで、ご心配おかけしております。
インストール作業によって、.htaccess がサブフォルダーより上位に移動するとのご指摘ですが、CMONOS.JP のインストール時にそういった処理は行われません。
現在弊社でも TOK2 の無料プランでインストールをテストしています。原因が分かり次第こちらでご報告いたします。
.htaccess が原因とのことですので、とりいそぎ、.htaccess を削除して動作するかどうかお試し下さい。
また .htaccess のオリジナルはフルセット版の「~/home/htdocs/_htaccess」ファイルです。このファイルをサブフォルダーにアップロードし名前を「.htaccess」とすると、インストーラーが正常に動作した場合と同じ結果が得られます。
以上参考になりましたら幸いです。