こんにちは。
まず、記事一覧の順序について整理させて下さい。記事一覧の順序には2種類あります。
ひとつは、更新時順で、もうひとつは日付(またはフォルダ名)順です。
サイト全体の記事一覧はデフォルトで「更新時順」となっています。このため記事の日付ではなく更新時で順番が決まります。
pinky1975さんが期待されている動作はこれが「日付順」になることではないかと思います。
そこで、サイト全体の記事一覧の実体ファイルを開き、下記タグを書き換えて、何か記事をひとつ更新してみて下さい。
「外部ファイル編集」で「metaindex.ssi」を開くと、インデックスが記述されています。
<!--metaindex sort="mtimedescend" limit="15"-->
上記のように書かれている部分を下記のように書き換えて保存して下さい。
<!--metaindex sort="descend" limit="15"-->
mtimedescend を descend に変更します。すると次回書き込み時から新しい日付順になります。ただしこの設定では、コラムなど日付管理ではない記事が常に上位に表示されたり、逆にまったく表示されなかったりしますので、ご注意ください。
前回追加した「前回更新時を保持」するオプションは、更新時順でインデックスを表示している場合にも、インデックスの順番に影響を与えないためのものとなっています。