ご返信ありがとうございます。
アップデートしてもファイル数に関して特に影響はないとは思いますが、現状ではファイルの生成に制限がかかっていますので、環境設定からアップデートすることはできないのではないかと思います。最悪、処理が途中で止まってしまい、動作に必要なファイルが削除されたままになる可能性もあります。
ですので、とりあえず過去の更新を削除してファイル数を減らすことを先にされる方が良いと思います。
あまり考えられませんが、今回ご提供した一般設定モジュールが動かない可能性はあります。その場合は、動かなかった旨ご連絡ください。
以上参考になりましたら幸いです。