ご質問ありがとうございます。
チェックアウトの一般設定の「デジタルコンテンツの圧縮」欄で、「ダウンロードファイルを一つの ZIP 圧縮ファイルにまとめる」のチェックを外して「保存」してください。購入ファイルごとにダウンロードできるようになります。
一括ダウンロードと個別ダウンロードを両方利用できるようにするご提案につきましては、将来のバージョンで何らかの対応を検討したいと思います。参考になるご指摘感謝いたします。
販売ファイル自身が大きなファイルである場合は、現状では分割ファイルに対応しておりません。改造も難しいと思います。