ご質問ありがとうございます。
GDBMを操作できないようです。もしこの間にサーバのアップデートがあった場合は、そのことが影響している可能性があります。ロリポップに現在もGDBMを利用可能かお問い合わせください。
もう一つは、過去のバグが悪影響している可能性があります。このバグは、設定条件によっては TableMaker でアクセスIPの記録がいつまでも削除されず、ファイルが大きくなりすぎると言うものですが、現在は修正されています。またアップデータを適用することで、不具合は修復されます。
お手数ですが、FTPで下記ファイルの容量が異常に大きくなっていないかご確認ください。もし異常に大きくなっている場合は、下記ファイルを削除してください。
以上、参考になりましたら幸いです。