ご返信ありがとうございます。
デフォルトのサイトテンプレートの場合、追加CSSについては、「CSSタブ方式〉イメージタブ」の中にある「追加スタイルシート」に記述します。
また、ナビゲーションの上と下にHTMLを追加する場合は、「ヘッダ」および「フッタ」にHTMLを記述します。
CMONOS.JP が用意するナビゲーションではなく、独自のナビゲーションを作成したい場合は、「テンプレート方式」を選択し、テンプレートにHTMLを、ナビゲーションスタイルシートにCSSを記述します。
ナビゲーション部分は決めうちになっていますので、テンプレート方式の方がうまくいくかもしれません。
以上参考になりましたら幸いです。