ご質問ありがとうございます。
はい、SSI でヘッダとフッタを埋め込むには、サーバの設定によっては、拡張子を shtml にする必要があります。
h2、h3にリンクがつくような処理は施しておりませんので、原因がわかりません。。。もし、他のページと共通のレイアウトで、新しいページを追加されようとしてらっしゃるのでしたら、セットアップアシスタントの「CGIインストーラー」で「ホームページメーカーLite」を新しくインストールするのがオススメです。
トップページ同様、書き込み欄に記事を書き込むだけで、サイトナビゲーションやフッタを含め、レイアウトが整いますし、ナビゲーションにページを追加するのも簡単です。
以上参考になりましたら幸いです。