ご質問ありがとうございます。
CMONOS.JP は、管理するウェブページが同一ドメイン下にあることを前提としていますので、一つの CMONOS.JP で異なるドメイン下にあるウェブページを管理することはできません。。。
CMONOS.JP を複数インストールすれば対応可能です。独自ドメインとは別に、「/ssl」などの名前でフォルダを作ってその中に CMONOS.JP をもうひとつインストールします。「cgi-data」の位置は「/ssl」と同じ階層にします。
SSL専用CMONOS.JPのもろもろの設定を独自ドメイン専用CMONOS.JPと同じ設定にして、必要なツールをインストールします。
SSL専用CMONOS.JPのインストーラーおよび管理画面には、必ず SSL 用のURLでアクセスしてください。CMONOS.JP は明示的に設定されない場合、URLとSSL利用の有無を自動取得します。
ヘッダ部分のナビゲーションは、自分で管理していないツールについては自動登録されませんので、「追加URL」としてひとつひとつ追加する必要があります。
ちなみに、なるべく費用をかけたくなく、独自ドメインにSSLが必要で、仕事でお使いになるなら、KAGOYA さんをおすすめしています。
以上参考になりましたら幸いです。