ご返信ありがとうございます。
やはり弊社のテスト環境では症状を再現できません。そのため不具合の原因がわからないのですが、次期バージョンで chapter タイトルのみを表示する独自タグを追加することにしました。
もう少しテストしてから、近日中に公開する予定です。もしうまくいかないようでしたら、次期バージョンをお試しいただければと思います。
〈追記〉
本日公開した ver.2.0.20140502 に、独自タグ「<!--chaptertitle-->」を追加しました。「<!--subtitle-->」の替わりに使うと、chaptertitle のみ表示します。