ご回答どうもありがとうございます。
テンプレートは以下のようになっています。
いったん、元のsectionが見える状態に戻して、再度「サブタイトルフィールド」を無選択を試してみましたが、やはりchapterが消えてしまいました・・・
<!--index-->
<!--subindex-->
<ul class="index">
<!--article-->
<!--head--><li><!--/head-->
<!--title--><!--head--><div class="title"><!--/head--><!--foot--></div><!--/foot--><!--/title-->
<!--subtitlelist--><!--head--><ul><!--/head-->
<!--subtitle--><!--head--><li><!--/head--><!--foot--></li>
<!--/foot--><!--/subtitle-->
<!--foot--></ul><!--/foot--><!--/subtitlelist-->
<!--foot--></li><!--/foot-->
<!--/article-->
</ul>
<!--/subindex-->
<!--/index-->