ご質問ありがとうございます。
この度は弊社プロダクトの活用をご検討いただき、重ねて感謝いたします。
「重量別」 の「「ゆうメール」利用のとき必ず適用する」をチェックすると、都道府県別の送料を設定している場合でも、「ゆうメール」利用のとき必ず重量別送料が適用されます。
「サイズ別」の「「クロネコヤマト・メール便」利用のとき必ず適用する」をチェックすると、都道府県別の送料を設定している場合でも、「クロネコヤマト・メール便」利用のとき必ずサイズ別送料が適用されます。
メール便が表示されない原因は、商品の厚さがメール便で扱う上限の20mmを超えているためだと思います。20mm以下の商品をカートに入れれば、メール便が選択可能になるのではないかと思いますので、ご確認ください。
以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。