ご質問ありがとうございます。
デフォルトの状態では「総合インデックス」の「共有部品設定」にある「埋め込みインデックステンプレート」は、カテゴリー横断インデックスが表示される設定となっています。
たとえばテンプレートを次のように書き換えると、カテゴリー別の表示となります(未検証)。
<!--index-->
<!--subindex-->
<div class="section">
<h2><!--title--><!--/title--></h2>
<div class="body">
<!--description--><!--/description-->
<ul class="index">
<!--article-->
<!--head--><li><!--/head-->
<!--title--><!--head--><div class="title"><!--/head--><!--foot--></div><!--/foot--><!--/title-->
<!--description--><!--head--><div class="description"><!--/head--><!--foot--></div><!--/foot--><!--/description-->
<!--subtitlelist--><!--head--><ul><!--/head-->
<!--subtitle--><!--head--><li><!--/head--><!--foot--></li><!--/foot--><!--/subtitle-->
<!--foot--></ul><!--/foot--><!--/subtitlelist-->
<!--foot--></li><!--/foot-->
<!--/article-->
</ul>
</div>
</div>
<!--/subindex-->
<!--/index-->
参考)CMONOS.JP マニュアル:ホームページメーカー:共通部品設定
以上、参考になりましたら幸いですm(_ _)m。