自己解決しましたのでご連絡します。
フッターのSSIではなく、default.cssのfooter部分を見てみたらpaddingの下部分に240pxが指定されていました。
自分で変更したかどうか覚えていませんが、この部分を変更したところ余白が小さくなりました。スレッドを汚してしまい申し訳ありませんでした。
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