ご質問ありがとうございます。
PayPal での決済が反映されなかった原因は、教えていただいた情報だけでは、わかりませんが、もし症状と関連していそうな事柄に思い当たりましたら、ぜひお知らせください。再発防止のヒントとなるかもしれません。
とりいそぎ、決済が反映されていない受注について、決済を完了するには状況メニューから「決済承認」を選択し「送信」します。
その際なんらかのエラーが表示されて、状況を「決済承認」に変更できないようでしたら、エラーの内容をこちらにコピーしてください。対応方法を検討いたします。
以上よろしくお願いいたしますm(_ _)m。