ご報告ありがとうございます。
もうひとつ可能性があることを思い出しました。。。CMONOS.JP は、環境設定に指定されたモジュールが存在しないとき、Not Found 画面を表示します。こちらの Not Found 画面である可能性はないでしょうか。この画面の特徴はサーバ情報がないことです。
もし、上記に該当する場合は、~/cgi-data/lib/cmonos フォルダ内のファイルに欠損があるのかもしれません。cmonos フォルダをアップロードしなおしてみてください。
上記に該当しない場合、/cgi/setup/start.cgi は、フォルダ名を変更しても動くはず、、、ですので、(フォルダ名を変えると Not Found にならないようでしたら)フォルダ名を変えた状態で以前ご紹介した KCatch.pm によるエラー捕捉が可能かどうかお試しください。
辛抱強くチャレンジしていただき、ありがとうございます。以上参考になりましたら幸いですm(_ _)m。