ご報告ありがとうございます。
また、お名前.COM で思うように動かず、たいへんお困りのことと思います。
ご指摘いただいた設定ですが、たしかに奇妙なかんじがしますね(^^;。でもこれで正しい設定となっていますのでご安心ください。
ところで、CGI が Not Found になる件ですが、「setup フォルダの中だけで発生する」ということはないでしょうか。cgi フォルダの他のフォルダでも発生するかどうかチェックしてみてください。
setup フォルダの中だけであるはずの CGI が Not Found となる場合、mod_rewrite などで setup という名前がついたフォルダへのアクセスが別のフォルダへ飛ばされている可能性が考えられます。
mod_rewrite の記述を変えてもらえれば、動くようになるかもしれません。。。
以上参考になりましたら幸いです。また何かお気づきの点がありましたらぜひお知らせください。お待ちしておりますm(_ _)m。