申し訳ありませんが、原因がわかりません。。。
とりあえず .htaccess を削除してください。CMONOS.JP は .htaccess の設定がなくても動きます。
(付属の .htaccess にはアクセスしてほしくないファイルへのアクセスを禁止する設定が書かれていますので、動作するようならできるだけ有効にしてください。)
/cgi-data/preferences/setup に拡張子が .bak 以外のファイルがないでしょうか。旧サーバの状態をそのままアップロードした場合はここにDBMファイルがあります。
設定やデータを納めた旧サーバのDBMファイルがあると、新サーバと旧サーバでDBM形式に互換性がない場合、エラーが発生します。
もし旧サーバのDBMデータが残っている場合は、/cgi-data/preferences フォルダをいったん削除し、ダウンロード版の CMONOS.JP に含まれる ~/cgi-data/preferences フォルダに差し替えてください。
ただ、この場合のエラーは KCatch.pm で捕捉できるはずですので、CGI にたどり着く前のところで何か不具合があるような気がします。。。
また何かお気づきの点がありましたらぜひご指摘ください。問題解決のヒントとなるかもしれません。