〉env.pl のパーミッション設定に間違いがなければ、setup フォルダ以外のファイルおよびフォルダについてはインストーラーがパーミッションを設定します。
FTPアップロードソフトに、FFFTPを使用しているのでアップロードする時に、初期設定として*.cgi/*.plを700、フォルダ755にして、アップロードしました。
レンタルサーバーのFAQで、フォルダは755になっていたので。
env.plのパーミッション設定は、次のとおりに変更してあります。
# パーミッション
$file_mode = 0644;# ファイルのパーミッション
$dir_mode = 0755;# ディレクトリのパーミッション
$cgi_file_mode = 0700;# CGI ファイルのパーミッション