KCatch.pm を使うと、エラーログを吐き出してくれますので、CGI にエラーの原因がある場合は、問題の解決に役立ちます。
今回は CGI のエラーが原因ではないようです。(引用していただいたエラーには CMONOS.JP のライブラリがみつからない旨書かれています。)
ところで、このサイトで配布している CMONOS.JP ファイルにはあらかじめパーミッションが設定されています。フォルダは0705となっています。
FTPソフトによっては、このパーミッションを保ったままアップロードします。あるいは、FTPソフトの初期設定でフォルダの初期パーミッションが設定されている場合があります。
/cgi/setup フォルダのパーミッションを確認してみてください。これが0755でなければ動かないのかもしれません。
env.pl のパーミッション設定に間違いがなければ、setup フォルダ以外のファイルおよびフォルダについてはインストーラーがパーミッションを設定します。
以上お試しいただければと思います。