お名前.COM では .htaccess にいろいろと制限があるようです。CMONOS.JP 同梱の .htaccess から下記を削除してください。
Internal Server Error は、.htaccess のエラーに起因するものと思います。
.htaccess を書き換えてもエラーが出る場合は、お名前.COM では DB_File を使えない可能性がありますので、env.pl の 56行目を次のように書き換えてください。
$dbm_file = 'NDBM_File';
ただ、NDBM では、ページテンプレート設定などが約4KBを超えると、設定の復元に失敗します。その場合、ページテンプレートの文字数を減らすなどして対処する他ありません。
以上お試しください。