念のため、/cgi/setup/start.cgi のパーミッションが動作可能なものになっているかどうか確認してください。
レンタルサーバーのFAQでは、以下のパーミッションにして下さいとなっていました。
ディレクトリ: 755
.cgi .pl .php などの CGI 実行ファイル: 700 ( .phpは644でも可能です )
.cgi .pl などの直接実行されないライブラリファイル: 600
.txt .dat .log などのファイル: 600
/cgi/servercheck.cgi は動作しますでしょうか。もし動作するのでしたら、ライブラリの位置を見失っているものと思われます。もう一度位置関係を確認してください。
.htaccessファイルをはずすと、正常に表示されます。
パーミッションは、700にしてます。
一応、URLです。
http://raicou.info/cgi/servercheck.cgi
また、KCatch.pm というデバッグスクリプトを利用して、エラーログを表示できるかどうかお試し下さい。
Internal Server Errorと表示されて、エラー情報は表示されませんでした。
.htaccessファイルをはずすと、File Not Foundと表示されます。
すいません、きっとなにかちょっとしたところが間違っているような気がするのですが・・・。